Post by jone447 on Aug 2, 2023 1:02:48 GMT -5
性标记合成 RNA 作为大小标记。, , , , e三个独立重复的代表性图像。f图形显示 viP-CLIP cDNA 文库组成（按从 ( e ) 回收的 RNA 中的 RNA 类别划分）。源数据作为源数据文件提供。 全尺寸图像 接下来，我们量化了几种组织新合成的 mRNA 中 4SU 的掺入率，并将这些值与单层生长的原代小鼠肝细胞和 HEK293 细
胞进行了比较。在高达 2% (v:v) 的 NP40 缓冲液中亚洲手机号码列表制备裂解物，以有效裂解高脂肪含量的组织（即肝脏、大脑）。裂解后，NP40 的浓度从 2% 降至 0.06%，以实现有效的免疫沉淀，因为我们研究中使用的一些抗体（包括 Tial1）在高洗涤剂浓度下失去了结合能力（补充图 1i ））。随后，裂解液被澄清，RNaseT1 处理，
目标蛋白及其部分消化的交联 RNA 被免疫沉淀。在 SDS 凝转移后，对交联的目标 RNA 进行放射性标记，以可视化 RBP-RNA 加合物（图 1c）。蛋白质低表达的组织（例如肠）仅显示弱交联带（图 1d）。回收 19 至 40 nt 之间的 RNA 片段，并用于 3' 和 5' 接头连接以及 cDNA 文库制备和测序，如常规 PAR-CLIP 方案（图 1e）5。通过识别主要错